Identification, Genotyping and Drug Susceptibility Patterns of Mycobacteria Isolated from HIV Positive Patients at Tehran Province, Iran
عنوان اصلي
شناسایی، ژنوتایپینگ و بررسی الگوی حساسیت دارویی مایکوباکترم جدا شده از بیماران مبتلا به HIV در استان تهران-ایران
نام عام مواد
[Dissertation]
نام نخستين پديدآور
Seifu Gizaw Feyisa
نام نخستين پديدآور
سیفو گیزا فیزا
وضعیت نشر و پخش و غیره
نام ناشر، پخش کننده و غيره
Tehran University of Medical Sciences, Medicine school
تاریخ نشرو بخش و غیره
2019
مشخصات ظاهری
نام خاص و کميت اثر
62p
یادداشتهای مربوط به پایان نامه ها
جزئيات پايان نامه و نوع درجه آن
PHD
جزئيات پايان نامه و نوع درجه آن
دکتری تخصصی(phd)
نظم درجات
Medical Bacteriology
نظم درجات
باکتری شناسی پزشکی
زمان اعطا مدرک
1398
یادداشتهای مربوط به خلاصه یا چکیده
متن يادداشت
Background: Mycobacterial infections have radically increased worldwide due to the increase in HIV infections. The disease activity increases with progressive immunodeficiency. Objective: The objectives of this study were to identify, genotyping and determining drug susceptibility patterns of mycobacteria isolated from HIV positive patients. Moreover, it was to evaluate the clinical significance of the identified species.Methods: A total of 217 HIV seropositive patients suspected of having mycobacterial infection were recruited for this study from April 2018 to August 2019 at Emam Khomeini referral hospital, and Regional tuberculosis laboratory in Tehran, Iran. Clinical samples were collected from each patient and cultured on Lowenstein-Jensen media. Drug susceptibility patterns of M. tuberculosis isolates were determined for 7 drugs. The NTM isolates were subjected to sequencing of multiple genes, including 16S-23S rRNA internal transcribed spacer (ITS), and hsp65 sequence and drug susceptibility test for 10 drugs were performed. Results: Of 217 patients 28 (12.9%) were culture positive and 20 (9.2%) and 3.7% were positive for Mycobacterium tuberculosis and nontuberculous mycobacteria respectively. In this study, 4 rapid and 4 slow-growing NTM species were isolated and identified. Mycobacterium fortuitum was the most common NTM species, 3/8 (37.5%), followed by Mycobacterium kansasii, 2/8 (25%). The cases were identified as pulmonary disease, 5/8 (62.5 %), disseminated infection, 2/8 (25%), and skin abscess, 1/8 (12.5%). M. chelonae and Mycobacterium avium were isolated from patients diagnosed with disseminated infection. The skin abscess was caused by infection with M. simia. The results of the MIC testing were as follow: 1 (5%) and 3 (15%) MTB isolates were resistant to INH and EMB, respectively; of which 1 was resistant to INH and EMB, while 17/20 (85%) MTB isolates were susceptible to all the tested drugs in this study.M. kansasii and M. fortuitum were susceptible to amikacin (AMK); M. avium to clarithromycin (CLA); M. fortuitum 2/3 (67%) to ciprofloxacin (CIP); M. kansasii isolates to CLA and AMK, and M. chelonae to AMK and linezolid (LIN) Conclusion: The incidence of NTM to MTB complex in the HIV coinfected patients was 1:2.5 in Tehran province and the prevalence of drug resistance MTB strains was statically insignificant in this study (p > 0.05), none of the isolates were MDR TB. Also the prevalence of TB was significantly low in females. AMK showed incredible in vitro activity against M. kansasii, M. avium and M. fortuitum, whereas M. simia was resistant to the entire tested drugs.
متن يادداشت
مقدمه و هدف: به علت افزایش عفونت HIV، عفونت های ایجاد شده توسط مایکوباکتریوم در حال افزایش می باشد. در واقع عفونت های مایکوباکتریوم، با نقص سیستم ایمنی افزایش می یابند. هدف از این مطالعه بررسی انتشار گونه های مایکوباکتریوم جدا شده از نمونه های بالینی با روش تایپینگ مبتنی بر تعیین توالی چند ژن و ارزیابی اهمیت بالینی گونه های شناسایی شده، می باشد.روش کار: در این مطالعه 217 بیمار مبتلا به HIV، جهت عفونت مایکوباکتریوم مورد بررسی قرار گرفتند. نمونه گیری در بیمارستان امام خمینی و آزمایشگاه تشخیص سل شهر تهران از تیر 1397 تا شهریور 1398 انجام شد. نمونه های بالینی جمع آوری شده از بیماران در محیط لون اشتاین جانسون کشت داده شدند. الگوی مقاومت دارویی ایزوله های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس برای 7 دارو تعیین شد. تعیین حساسیت ایزوله های غیرتوبرکلوزیس برای 10 دارو انجام شد و ژن های 16S-23S rRNA، ITS و hsp65 تعیین توالی شدند. یافته ها: از 217 بیمار، نتیجه کشت در 28 (9/12 %) مورد مثبت شد که 20 (2/9 %) مورد از آن مایکوباکتریوم توبرکلوزیس و 8 مورد مایکوباکتریوم های غیر توبرکلوزیس جداسازی شد. تست حساسیت آنتی بیوتیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس برای 7 آنتی بیوتیک انجام شد. همچنین، تعیین توالی ناحیه ژنی 6S-23S rRNA internal transcribed spacer (ITS) و hsp65 و بررسی حساسیت آنتی بیوتیکی سویه های مایکوباکتریوم غیر توبرکلوزیس برای 10 آنتی بیوتیک انجام شد. اطلاعات بالینی و تاریخچه بیماران مورد بررسی و آنالیز قرار گرفت. همچنین با روش مبتنی بر تعیین توالی، مایکوباکتریوم های غیرتوبرکلوزیس جدا شده از بیماران تا سطح گونه شناسایی شد.در این مطالعه، 4 گونه تند رشد و 4 گونه کند رشد مایکوباکتریوم غیر توبرکلوزیس جداسازی و شناسایی شد. شایع ترین گونه های جدا شده شامل 3 (5/37 %) گونه مایکوباکتریوم فورتئیتوم و 2 (25 %) گونه مایکوباکتریوم کانزاسی بود. 5 (5/62 %) ایزوله از عفونت های تنفسی و 2 (25 %) ایزوله از عفونت منتشره و 1 (5/12 %) ایزوله از آبسه پوست جداسازی شد. مایکوباکتریوم چلونی و مایکوباکتریوم اویوم از عفونت منتشره در بیماران با نقص درمان، جداسازی شدند. مایکوباکتریوم سیمیه از آبسه پوست جداسازی شد. نتیجه آنتی بیوگرام نشان داد که به ترتیب 1 (5 %) و 3 (15%) مایکوباکتریوم های توبرکلوزیس به ایزونیازید و اتامبوتول مقاوم اند. این در حالی است که 17 (85 %) از سویه های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس به تمام آنتی بیوتیک های مورد بررسی در این مطالعه دارای حساسیت بودند.مایکوباکتریوم کانزاسی و فورتئیتوم به آمیکاسین، مایکوباکتریوم اویوم به کلاریتومایسین، 2 (67%) مایکوباکتریوم فورتئیتوم به سیپروفلوکساسین، مایکوباکتریوم کانزاسی به کلاریتومایسین، آمیکاسین و مایکوباکتریوم چلونه به آمیکاسین و لینزولاید حساس بودند.نتیجه گیری: بروز همزمان عفونت HIV-مایکوباکتریم توبرکلوزیس و HIV-مایکوباکتریم غیرتوبرکلوزیس در این مطالعه به ترتیب 1 و 5/2 بود. هیچ کدام از ایزوله های مایکوباکتریم توبرکلوزیس، به چند دارو مقاوم نبودند. شیوع مایکوباکتریم توبرکلوزیس به طور معناداری در زنان کمتر بود. آمیکاسین اثر فوق العاده ای را در شرایط آزمایشگاهی در مقابل مایکوباکتریوم کانزاسی، مایکوباکتریوم آویوم و مایکوباکتریوم فورتئیتوم داشت. درحالی که مایکوباکتریوم سیمیه به تمام داروها مقاوم بود.
موضوع (اسم عام یاعبارت اسمی عام)
عنصر شناسه ای
مایکوباکتری سل
عنصر شناسه ای
Mycobacterium tuberculosis
عنصر شناسه ای
اشخاص مبتلا به اچ. آی. وی.
عنصر شناسه ای
HIV - positive persons
داده رابط بین فیلدها
a07
داده رابط بین فیلدها
a07
داده رابط بین فیلدها
a17
داده رابط بین فیلدها
a17
موضوع مستند نشده
16S-23S rRNA internal transcribed spacer
موضوع مستند نشده
hsp65
موضوع مستند نشده
Minimum inhibitory concentration
موضوع مستند نشده
nontuberculous mycobacteria
موضوع مستند نشده
حداقل غلظت مهاری
موضوع مستند نشده
مایکوباکتریوم توبرکلوزیس
موضوع مستند نشده
مایکوباکتریوم غیرتوبرکلوزیس
موضوع مستند نشده
ژنوتایپینگ
موضوع مستند نشده
Genotyping
موضوع مستند نشده
drug susceptibility patterns
موضوع مستند نشده
الگوی حساسیت دارویی
موضوع مستند نشده
مایکوباکترم
موضوع مستند نشده
Myobacteria
نام شخص به منزله سر شناسه - (مسئولیت معنوی درجه اول )
کد نقش
, Author
کد نقش
, Author
مستند نام اشخاص تاييد نشده
Gizaw Feyisa, Seifu
مستند نام اشخاص تاييد نشده
گیزا فیزا، سیفو
نام شخص - ( مسئولیت معنوی درجه دوم )
کد نقش
, Thesis advisor
کد نقش
, Thesis advisor
کد نقش
, Thesis advisor
کد نقش
, Thesis advisor
مستند نام اشخاص تاييد نشده
Feizabadi, Mohammod Mehdi
مستند نام اشخاص تاييد نشده
فیض آبادی، محمدمهدی
مستند نام اشخاص تاييد نشده
Hasannejad, Malihe
مستند نام اشخاص تاييد نشده
حسن نژاد، ملیحه
شناسه افزوده (تنالگان)
عنصر شناسه اي
Tehran University of Medical Sciences, Medicine school